Im Jahr 1336 verzichtete Markgraf Ludwig I. von Brandenburg auf mehrere Ortschaften, darunter Angern, das fortan nicht mehr zur brandenburgischen Altmark, sondern zum Erzbistum Magdeburg gehörte. Damit erneuerte der Erzbischof die Belehnung der Markgrafen mit den erzbischöflichen Gütern in der Altmark, wobei Wolmirstedt, Alvensleben, Rogätz, Angern und die Grafschaft Billingshoch ausdrücklich als Besitzungen des Erzstifts Magdeburg anerkannt wurden. Für den Erzbischof und seine Nachfolger gingen damit alle Ansprüche auf Angern und andere nördlich der Ohre gelegene Ortschaften an das Erzstift Magdeburg über. Dies stellt zugleich die erste urkundliche Erwähnung des Ortes Angern dar.

Im Mittelalter wurde das Lehnswesen etabliert, und viele Flächen wurden durch Kolonisation urbar gemacht. Neue Siedler, hauptsächlich aus Holland und Flandern, gründeten neue Dörfer, während andere, wie das nahegelegene Palnitz, wüst fielen.

Zur Sicherung seiner Ansprüche ließ Erzbischof Otto von Magdeburg im Jahr 1341 eine Wasserburg auf einer vermutlich künstlich angelegten Insel errichten. Ob es sich um einen Neubau handelte oder eine bestehende Anlage erweitert wurde, ist unklar, da bereits 1336 eine Burg in Angern erwähnt wird.

Wasserburgen gehören topographisch zum Typ der Niederungsburgen. Über ihr Aussehen ist wenig überliefert. Die heute noch aus dem Wasser ragenden Außenmauern des Erdgeschosses der Vorburg sowie die teils begehbaren Gewölbe lassen auf die Dimensionen der Burg schließen. Ein sieben Stockwerke hoher Turm auf einer zweiten Insel überragte die Anlage. Teile des Turms und der angrenzenden Gebäude wurden laut einem Memoire des Generals Christoph Daniel von der Schulenburg in den Keller des Ostflügels des späteren Herrenhauses integriert.

Die Wasserburg wechselte mehrfach den Besitzer. 1343 gehörte sie Gerlof von Brunhorcz. Ab 1363 war Lüdecke von Grieben Lehnsherr, ein Vasall derer von Grieben, der ihren Namen annahm. Im Jahr 1370 wurden Lüdecke von Grieben und die Söhne des Ritters Jakob von Eichendorff mit Angern belehnt.

Einige Jahre nach dem Bau der Burg erreichte die Pest von Süden kommend das deutsche Land. Ob Angern und Wenddorf betroffen waren, ist nicht überliefert. Ab 1373 war Ritter Gebhard von Alvensleben Lehnsherr der Burg. Er nutzte sie als Basis für Raubzüge, und die nahegelegene Heerstraße von Magdeburg durch die Altmark wurde häufig Schauplatz von Überfällen auf Magdeburger Kaufleute. Nach mehreren erfolgreichen Raubzügen beschlossen die Bürger Magdeburgs, Gebhard zur Rechenschaft zu ziehen.

Im Jahr 1382 belagerten bewaffnete Magdeburger Bürger die Burg. Am Abend vor Himmelfahrt wurde sie umstellt, und am folgenden Tag war Gebhard gezwungen, die Burg für 400 Mark Silber an die Magdeburger Bürger abzutreten. Nach längeren Verhandlungen wurde die Burg schließlich am 1. August 1384 an Erzbischof Albrecht IV. übergeben.

Als der Erzbischof von Magdeburg im Jahr 1341 in Angern ein Schloss errichten ließ, wird vermutet, dass er auch das Patronat der Kirche in Palnitz sowie Eigentum in diesem Ort anstrebte.

Wann das Dorf Palnitz aufgegeben wurde, ist nicht genau überliefert. Jedenfalls war es noch vor der Einführung der Reformation verlassen. Es wird angenommen, dass Palnitz ursprünglich eine wendische Ansiedlung war. Im Jahr 1562 wird das Dorf als wüst beschrieben.